- Сектор организационно-контрольной работы и защиты информации
- Отдел правового обеспечения
- Сектор информационной работы и взаимодействия со СМИ
- Сектор по вопросам государственной гражданской службы и кадров
- Отдел финансирования, бухгалтерского учета и отчетности
- Сектор материального обеспечения и мобилизационной работы
- Отдел экономики, целевых программ и прогнозирования развития инфраструктуры рынка
- Сектор управления государственными унитарными предприятиями
Управление развития агропромышленного производства
- Отдел организации производства продукции животноводства и племенного дела
- Отдел организации производства растениеводческой и плодовоовощной продукции, планирования и оборота земель сельскохозяйственного назначения
- Сектор прогнозирования и контроля инженерно - технического развития и безопасности труда в сельском хозяйстве
Департамент сельскохозяйственного надзора
- Отдел внешнего карантина
- Отдел фитосанитарного надзора (контроля)
- Отдел защиты растений
- Отдел аналитической работы и лабораторных исследований
- Отдел семенного надзора (контроля)