1. Министр
   

2. Первый заместитель Министра
   

3. Заместитель Министра
   

4. Помощник Министра
   

- Сектор организационно-контрольной работы и защиты информации

- Отдел правового обеспечения

- Сектор информационной работы и взаимодействия со СМИ

- Сектор по вопросам государственной гражданской службы и кадров

- Отдел  финансирования, бухгалтерского учета и отчетности

- Сектор материального обеспечения и мобилизационной работы

- Отдел экономики, целевых программ и прогнозирования развития инфраструктуры рынка

- Сектор управления государственными унитарными предприятиями

Управление развития агропромышленного производства

- Отдел организации производства продукции животноводства и племенного дела

- Отдел организации производства растениеводческой и плодовоовощной продукции, планирования и оборота земель сельскохозяйственного назначения

- Сектор прогнозирования и контроля инженерно - технического развития и безопасности труда в сельском хозяйстве

Департамент сельскохозяйственного надзора

1. Управление фитосанитарного надзора (контроля) и карантина растений

- Отдел внешнего карантина

- Отдел фитосанитарного надзора (контроля)

- Отдел защиты растений

2. Управление по надзору (контролю) качества семян и посадочного материала

- Отдел аналитической работы и лабораторных исследований

- Отдел семенного надзора (контроля)

3. Отдел по надзору (контролю) за качеством зерна и продуктов его переработки
4. Отдел технического надзора (контроля)